Thanh trùng trứng lỏng là một trong những quá trình thanh trùng phức tạp nhất đối với các sản phẩm lỏng do tính nhạy cảm của các protein trong trứng với nhiệt và hậu quả là mất chức năng của sản phẩm cuối cùng nếu áp dụng phương pháp thanh trùng quá mạnh.
Tốc độ diệt khuẩn bằng phương pháp thanh trùng WAVE cao hơn nhiều so với tốc độ diệt khuẩn ở nhiệt độ tiêu chuẩn trong các hệ thống thanh trùng truyền thống. Thời gian gia nhiệt và thời gian giữ cho hệ thống WAVE được thiết kế để có mức độ biến tính tối thiểu của sản phẩm.